Mit der BK50 wird eine hochaufgelöste Bodeninformation verwendet, aber auch diese hat ihre Grenzen. Bei einem Maßstab von 1 : 50.000 kann es durchaus zu Abweichungen am untersuchten Standort im Vergleich zu den in der Bodenkarte hinterlegten Daten kommen. So kann ein Standort durch die Bodenkarte mit einer besseren Wasserspeicherleistung eingestuft werden, als dieser tatsächlich besitzt.

Durch den Einfluss der menschlichen Nutzung der Böden im privaten Raum, haben sich die Bodeneigenschaften durch das Einbringen von Bauschutt oder sandigen Substraten im Laufe der Zeit verändert. Diese Änderungen sind in der BK50 nicht berücksichtigt und führen somit zu einer Verringerung der Wasserspeicherfähigkeit des Bodens, wodurch sich ein trockenerer Gartenboden erklären lässt. Auch kleinräumige Veränderungen des Grundwasserstandes durch Gräben, Versiegelungen und Entnahmen können nicht berücksichtigt werden, so dass einige Gartenböden im NIBOFID Grundwasseranschluss haben und damit feuchter sind, als sie es in der Realität sind. Zudem weicht der Wasserhaushalt im Garten durch Bewässerung, Kulturmaßnahmen und intensive Nutzung deutlich von dem Wasserhaushalt einer Ackerfläche oder einer Wiese ab.